Geografie
Fysieke kenmerken
Indonesië bestaat uit, volgens verschillende onderzoeken en schattingen, tussen de 13.500 en 18.500 eilanden. Volgens het meest recente onderzoek van de Indonesische overheid gaat het om 14.572 eilanden, waarvan er enkele duizenden bewoond worden (het CIA World Factbook spreekt van 6.000 bewoonde eilanden, terwijl de Indonesische overheid zelf uitgaat van 2.342). Indonesië maakt deel uit van de Indische Archipel die samen uit 23.288 eilanden bestaat. De vijf grootste eilanden zijn Java, Sumatra, Kalimantan (op Borneo, gedeeld met Maleisië), Nieuw-Guinea (gedeeld met Papoea-Nieuw-Guinea) en Celebes. Landsgrenzen zijn er - door gedeelde eilanden - met Maleisië (Borneo), Papoea-Nieuw-Guinea (Nieuw-Guinea) en Oost-Timor (Timor); voorts zijn er zeegrenzen met Singapore, Maleisië, de Filipijnen en Australië.
De hoofdstad en grootste stad is Jakarta op het eiland Java. Enkele grote steden zijn Soerabaja (Java), Medan (Sumatra), Padang (Sumatra), Bandung (Java) Jogjakarta (Java), Denpasar (Bali). Het hoogste punt van het land is de bijna 4.900 meter hoge Puncak Jaya in de provincie Papoea. Indonesië bevindt zich in drie verschillende tijdzones: UTC+7, UTC+8 en UTC+9.
Bebossing
Bossen zijn de oorspronkelijke begroeiing van Indonesië en bedekken nog steeds meer dan de helft van het land. In de eilandengroep groeit circa 140 miljoen hectare regenwoud, na Brazilië het grootste ter wereld. In de schaduw van de reusachtige bomen gaat een ongekende plantenrijkdom verscholen. Er wordt circa een miljoen hectare grond per jaar ontbost, omdat de bevolkingsgroei nieuwe landbouwgronden vereist. Verbranding van bomen om een stuk grond bouwrijp te maken, zoals door de Dajaks eeuwenlang toegepast (zwerflandbouw), veroorzaakte weinig schade aan het bos, maar ontbossing door nieuwe bewoners richt daarentegen grote schade aan. Een verwoestend effect op de natuur heeft echter ook het feit dat tropisch hout een belangrijke inkomstenbron is.
Flora, fauna en milieu
Door zijn afmetingen, tropische klimaat en doordat het een eilandenrijk is, bezit Indonesië na Brazilië 's werelds grootste biodiversiteit. De flora en fauna zijn een mix van zowel Aziatische als Australische soorten. Ooit was een groot gedeelte van de eilanden zoals Sumatra, Borneo en Bali verbonden met het Aziatische vasteland en ze bezitten daardoor een grote rijkdom aan Aziatische soorten. Grote diersoorten zoals de Sumatraanse tijger, Javaanse neushoorn, orang-oetan, Aziatische olifant en luipaard kwamen ooit oostelijk tot aan Bali voor. Tegenwoordig zijn zowel hun aantallen als hun leefgebied drastisch ineengekrompen. Het land wordt voor ongeveer 60% met bos bedekt. Op Kalimantan en Sumatra bestaat de begroeiing vooral uit Aziatische soorten. Op Java zijn de meeste bossen gekapt voor menselijke bewoning en voor landbouwdoeleinden. Celebes, Kleine Soenda-eilanden en Maluku zijn al sinds zeer lange tijd niet meer verbonden met het Aziatische vasteland en hebben een eigen unieke flora en fauna ontwikkeld. Nieuw-Guinea was onderdeel van de Australische landmassa en daarom zijn de soorten op dat eiland sterk verwant met de Australische soorten, waaronder meer dan 600 vogelsoorten.
Indonesië is na Australië het tweede land wat betreft het percentage endemische soorten. 26% van de 1531 vogelsoorten en 39% van de 515 zoogdiersoorten is endemisch in Indonesië. De 80.000 km kustlijn van Indonesië wordt voornamelijk omringd door tropische zeeën die bijdragen aan de hoge biodiversiteit. Indonesië heeft een zeer grote verscheidenheid aan zee en kust ecosystemen, waaronder stranden, duinen, estuaria, mangrovebossen, koraalriffen, zeegrasvelden, moddervlaktes en getijdevlaktes.
De Britse wetenschapper Alfred Wallace, beschreef de scheidslijn tussen de distributie van Indonesische Aziatische en Australische soorten. De zogenaamde Wallacelijn, geeft de grens aan tussen de Aziatische en de Australische fauna. De lijn loopt grofweg noord-zuid langs de rand van het Australische continent tussen Kalimantan en Celebes en door de diepe straat van Lombok, tussen Lombok en Bali. Westelijk van deze lijn zijn de flora en fauna voornamelijk Aziatisch, oostelijk van Lombok neemt het percentage Australische soorten toe. In zijn boek uit 1869 genaamd The Malay Archipelago, beschreef Wallace een groot aantal soorten die uniek zijn voor deze regio die tegenwoordig soms ook wel Wallacea genoemd wordt.
De hoge populatiedruk en snelle industrialisatie zijn belangrijke bedreigingen voor de ecologie. Aan deze bedreigingen wordt in Indonesië slechts mondjesmaat prioriteit gegeven door de hoge mate van armoede en een ineffectieve overheid. Een van de belangrijke ecologische problemen is de grootschalige ontbossing (waarvan een groot gedeelte illegaal) en de daarmee gepaard gaande bosbranden die voor sterke smogvorming zorgen in grote gedeeltes van westelijk Indonesië, Maleisië en Singapore. Andere problemen zijn overbevissing en milieuproblemen die gepaard gaan met de snelle verstedelijking en economische ontwikkeling, zoals luchtvervuiling, verkeersopstoppingen, problemen met de afvalverwerking en drinkwater-en afvalwatermanagement. Vernietiging van hun natuurlijke habitat bedreigt een groot gedeelte van de inheemse soorten, waaronder 140 zoogdieren die door de IUCN geclassificeerd worden als bedreigd en 15 soorten die als zeer kritisch bedreigd worden geclassificeerd, waaronder de orang-oetan.
Klimaat
Indonesië heeft een tropisch klimaat. De gemiddelde jaartemperatuur ligt in het gehele land rond de 30 graden Celsius. Afhankelijk van de moesson kennen de meeste delen van het land een regentijd en een droge periode; alleen op Sumatra en Kalimantan is de neerslag over het gehele jaar vrij gelijkmatig verdeeld. In december, januari en februari regent het tussen Zuid-Sumatra en Oost-Timor.